基因组分析可以帮助赢得与超级细菌的斗争 2016-12-07 10:01:03

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澳大利亚报纸近期的一些头条新闻:新南威尔士州医院是金色史丹最糟糕的地方; CA-MRSA - 我们中间的杀手;超级猛烈的攻击到目前为止,大多数人都知道抗生素抗性细菌是一个严重的问题,因为上述头条新闻表明政府已经意识到这个问题以及过去一个月的两份报告 - 一份来自首席科学家办公室和其他来自抗菌药物耐药性常设委员会 - 呼吁对澳大利亚的抗生素耐药性采取行动两者都承认我们需要在全国范围内对抗生素耐药性感染进行协调,以避免医院无法治愈的感染噩梦一个好的起点就是投资于DNA测序技术,超级计算机,并培训更多人参与生物信息学,这是一个使用计算机从基因组数据中提取有意义信息的学科为什么

因为如果我们想要监测抗性来自何处以及它是如何传播的,基因组分析技术是答案的重要组成部分以下是一个如何工作的例子耐万古霉素屎肠球菌(VRE)正在超越金黄色葡萄球菌作为抗生素的主要原因一些澳大利亚医院的抗性血流感染直到最近,人们还认为医院的VRE病例是由耐药细菌从一个病人传播到另一个病人引起的,所以医院一直试图通过隔离感染病人来阻止病毒传播

费用最高墨尔本奥斯汀医院最近的一项研究采用了全基因组测序,以最精细的法医学细节来研究不同患者的VRE之间的关系结果令人惊讶 - 细菌差别很大,太多不能成为在医院内传播相反,该研究表明,一些在医院发生VRE感染的患者当他们到达那里时,显然有细菌或前体,而不是从其他患者那里捡到虫子

因此,隔离受感染的病人可能并不总是有帮助

相反,我们可以通过检查新病人以确定他们是否有预防VRE感染在他们的肠道中携带虫子如果他们有VRE,并继续在医院发生感染,医生将知道不要浪费时间使用错误的抗生素当然,手部卫生和清洁医院仍然是阻止感染传播的关键患者每当细菌遇到药物时,就会产生抗药性的风险当不必要地使用抗生素时 - 治疗病毒感染或细菌感染时效果极小 - 它们会增加抗药性细菌出现的风险

例如如果你服用抗生素治疗由病毒性呼吸道感染引起的咳嗽,它不会让你变得更好,但它可以促使你的友好肠道细菌发展成蚂蚁益生菌抵抗你可能不会注意到这一点,因为那些虫子在你的胃里快乐地生活并且没有伤害但如果你发生意外,或生病并需要手术,那些虫子可能会进入你的血液并导致严重的全身性感染,或是败血症,这是非常难以治疗所以,小心和控制使用抗生素,或“抗生素管理”,对于防止新的抗性虫发展很重要一旦细菌变得耐药,它可以传播给其他人并导致更多的抗药性感染这在医院是一个严重的问题,在接受抗生素治疗的患者中产生耐药性,产生可以传播给其他患者的超级细菌更糟糕的是,细菌也可以通过在细胞之间转移DNA来分享它们的抗性所以当一个虫子学到新的技巧时,它可以快速教导别人我们需要更好地理解这一点,以便我们可以预防或管理它但我们能够发现这种情况的唯一方法是对细菌进行粗略的DNA监测这就是为什么细菌的DNA测序已成为追踪抗性出现和传播的新黄金标准的原因基因组学可以帮助我们确定感染的来源以及抗药性如何发展就像法医学可以将嫌疑人与嫌疑人联系起来一样犯罪,DNA跟踪可以将可疑来源(例如,脏水槽)与患者的感染联系起来这使我们可以监控医院之间和各州之间耐药细菌的传播,以及从海外引入新的耐药性细菌 这些信息对于决定何时隔离患者或引入检疫措施非常重要我们还需要了解治疗期间耐药性的发生频率,以及患者之间耐药性的传播频率如果问题主要是传播,我们需要专注于手部卫生,隔离受影响的患者和其他方法,试图限制医院的传播但是如果在治疗期间出现大多数阻力,我们需要改变我们的抗生素处方习惯以避免这个问题这些问题最好通过全基因组测序解决该技术是可用的,我们拥有澳大利亚的专业知识来实施监控和感染控制它所需要的只是资源投资而且正如最近的报告所指出的那样 - 就像过去15年的许多报告一样 - 现在需要采取行动Kathryn Holt是一个2013年欧莱雅女性科学奖学金